على الرغم من أن إدارة الأرباح تحقق منافع للمنشأة في الأجل القصير إلا أنها تؤدي إلى مشاكل خطيرة في الأجل الطويل ، ومن أهم هذه المشاكل ما يلي :-
– تخفيض قيمة المنشأة
– تلاشي المعايير الأخلاقية
– العقوبات الاقتصادية وإعادة إعداد القوائم المالية
– إخفاء مشاكل الإدارة التشغيلية عن الإدارة العليا