تضع المصارف الإسلامية مجموعة من الأهداف وتسعى جاهدة إلى تحقيقها ونوجزها فما يلي:
أ. المحافظة على الأموال وتنميتها: المصرف مسؤول على سلامة أمول المساهمين والمودعين، من هنا عليه الالتزام والاختيار طرق التسجيل المحاسبي التي تمنع كل أنواع السرقة والإسراف؛
ب. قياس وتوزيع نتيجة النشاط الإجمالي للبنك: من خلال المسك المحاسبي للعمليات المصرفية يتم تحديد النتيجة الإجمالية للنشاط سواء كان ربحا أو خسارة؛
ج. بيان الحقوق والالتزامات: المصارف الإسلامية تهدف بذلك لمعرفة المديونية والدائنة في أي لحظة من الزمن ليعرف كل طرف ما له وما عليه؛
د. تبيان المركز المالي وتزويد المتعاملين بالمعلومات: تساهم محاسبة المصرف بمعرفة المركز المالي خلال فترات قصيرة، وذلك لتقييم أداء إدارة المصرف في تشغيل أموال متعامليه، وكذلك تزود الأعوان الاقتصاديين بالمعلومات والبيانات من خلال التسجيلات المحاسبية، وكذا مساعدة هيئات الرقابة الخارجية – المصرف المركزي، الهيئات الرقابية الأخرى – بالمعلومات اللازمة.