يتمثل استقلال المراجع في ممارسته لعمله بحرية تامة بعيداً عن أي مؤثرات وضغوط، مثال ذلك وجود مصالح
مادية بشكل مباشر أو غير مباشر داخل الشركة محل المراجعة، أو يكون له استثمارات في أسهمها، أو أن يكون بينه وبينها علاقة تعاقدية بأي شكل كأن يكون أحد العاملين أو المديرين بها، وغيرها من أشكال التعاقد، مما يؤثر على أدائه لواجباته كاملة ومن ثَم التأثير على إبدائه رأي فني محايد في تقريره.
ويرى البعض أن اعتماد المراجع على نظام المعلومات المحاسبي الإلكتروني الخاص بالشركة في الحصول على أدلة الإثبات، يؤدي إلى إثارة الشك حول مدى توفر الاستقلال الكافي للمراجع، نتيجة احتمال حدوث تعديلات في النظام بحيث لا يمكن أن يعتمد المراجع على كمال وسلامة البيانات، وبالتالي على المعلومات التي حصل عليها باستخدام أساليب المراجعة الإلكترونية الخاصة به، إلاّ أن هذا الشك ليس في محله لسببين هما:
الأول: يعد استقلال المراجع حالة عقلية داخلية، أي أنه استقلال في موقفه تجاه العنصر محل المراجعة.
الثاني: تفرض عملية المراجعة اعتماد المراجع على نظام المعلومات المحاسبي الإلكتروني سواء قام المراجع باستخدام برامج مراجعة عامة جاهزة أو غيرها من البرامج، مما يستوجب على المراجع ضرورة التِأكد من سلامة مدخلات ومخرجات هذا النظام.