يقسم التدقيق الداخلي من حيث الأعمال التي يزاولها المدقق الداخلي إلى ألأنواع التالية وهي كما يلي:
أولا: التدقيق الداخلي المالي:
يعرف التدقيق المالي بأنه الفحص المنظم للقوائم المالية والسجلات والعمليات المتعلقة بها لتحديد مدى تطبيق المبادئ المحاسبية المتعارف عليها والسياسات الإدارية وأية متطلبات أخرى.
ويعتبر التدقيق المالي المجال التقليدي للتدقيق الداخلي والذي يتضمن تتبع القيود المحاسبية للأحداث الاقتصادية التي تحصل داخل المنشأة وتدقيقها حسابيا ومستنديا ثم التحقق من سلامتها وموافقتها للأنظمة والتعليمات المتبعة والقوانين والمبادئ المحاسبية المتعارف عليها وذلك لإظهار البيانات بصورة واقعية ويتناول التدقيق المالي أيضا التحقق من وجود الأصول وتوافر الحماية المناسبة لها من الضياع أو سوء الاستعمال أو الاختلاس وكذلك فحص وتقويم درجة متانة الرقابة المحاسبية الداخلية وكفايتها ومدى الاعتماد على البيانات المحاسبية المولدة داخل المنشأة والتي يعتمد عليها في اتخاذ القرارات.
ثانياً: الرقابة المحاسبية:
و تشتمل على خطة التنظيم و الوسائل و الإجراءات التي تهتم بصفة أساسية بالمحافظة على أصول المنشأة و مدى الاعتماد على البيانات المحاسبية المسجلة بالدفاتر و السجلات المحاسبية و يتحقق ذلك عن طريق تصميم نظام فعال لأنظمة الضبط الداخلي و توفير جهاز كفء للقيام بعمليات المراجعة الداخلية.
ثالثاً:التدقيق التشغيلي
وهو مراجعة شاملة للوظائف المختلفة داخل المنشأة للتأكد منة كفاءة وفاعلية وملائمة هذه الوظائف من خلال تحليل الهيكل التنظيمي وتقييم مدى كفاءة الأساليب الأخرى المتبعة للحكم على مدى تحقيق أهداف المنشأة من خلال هذه الوظائف.
وهناك أيضا أنواع أخرى من التدقيق مثل التدقيق الإداري وهو يتعلق بتقييم جودة أسلوب إدارة المخاطر والرقابة ضمن نطاق أهداف البنك،وكذلك تدقيق الالتزام وهو عبارة عن مراجعة الضوابط الرقابية المالية والتشغيلية والعمليات للحكم على جودة وملائمة الأنظمة ألتي تم وضعها للتأكد من الالتزام بالأنظمة والتشريعات والسياسات والإجراءات.