غياب أو ضعف نظام الرقابة الداخلية يتسبب في سهولة إجراء العديد من عمليات التحريف للبيانات والمعلومات وتطبيقات نظام المعلومات المحاسبي الإلكتروني، وعليه لا يستطيع المراجع أن يثق في البيانات والمعلومات الإلكترونية التي
يوفرها هذا النظام، ومن هنا يتجه المراجع إما إلى الإنسحاب من عملية المراجعة أو أن يقوم بتوسيع إجراءات المراجعة، واستخدام أساليب مراجعة نظم المعلومات المحاسبية الإلكترونية في تنفيذ الإختبارات الجوهرية – يمكن الرجوع إلى مرحلة تنفيذ عملية المراجعة – والمتمثلة في الإجراءات التحليلية، واختبارات تفاصيل العمليات والأرصدة.