وقعت مصر على الانضمام إلى اتفاقية السوق المشتركة للشرق والجنوب الأفريقي (الكوميسا) في 29/6/1998 وتم البدء في تطبيق الإعفاءات الجمركية على الواردات من باقي الدول الأعضاء اعتبارا من 17/2/1999 على أساس مبدأ المعاملة بالمثل للسلع التي يصاحبها شهادة المنشأ معتمدة من الجهات المعنية بكل دولة.
ووقعت 9 دول من الدول الأعضاء في الكوميسا بتاريخ 31/10/2000 على اتفاقية إنشاء منطقة التجارة الحرة بينها هي: ( مصر / وكينيا / السودان / موريشيوس / زامبيا / زيمبابوي / جيبوتي / ملاوي / مدغشقر)، وانضمت إليهم رواندا وبوروندي في 1/1/2004 حيث تقوم تلك الدول بمنح إعفاء تام من الرسوم الجمركية المقررة على الواردات المتبادلة بينها شريطة أن تكون تلك المنتجات مصحوبة بشهادة منشأ الكوميسا.
وبدأت اتفاقية الكوميسا كمنطقة تجارة تفضيلية تهدف للوصول لإقامة منطقة تجارة حرة بين الدول الأعضاء لتتطور لتصبح اتحادا جمركيا ثم سوقًا مشتركة.
1- تتمتع كافة السلع المصرية المصدرة إلى الدول الأعضاء بإعفاء تام من كافة الرسوم الجمركية والرسوم والضرائب الأخرى ذات الأثر المماثل وفقا لنسب التخفيضات التي تقرها كل دولة وعلى أساس مبدأ المعاملة بالمثل.
2- لا يوجد استثناءات إلا لدولة السودان وكينيا، وموريشيوس حيث تقدمت السودان في 23/5/2001 بقائمة سلبية (تتضمن 58 سلعة لا يسمح باستيرادها من مصر إلا بعد سداد الرسوم كاملة ). ثم قامت السودان في 20/7/2003 بناء على طلب الجانب المصري بمراجعة القائمة وتخفيض عدد السلع المدرجة في تلك القائمة وانتهى الموقف على :
3- قيام السودان بتخفيض الرسوم الجمركية بواقع 30% على بعض السلع وهى:
4- مراتب الإسفنج وشمع الإضاءة والمواسير وسيارات بكاسي وميني بص ومبردات الماء والتليفزيونات والتليفونات ومفاتيح الكهرباء والأبواب وشبابيك الحديدية والأثاث المنزلي.
5- احتفاظ السودان ببعض السلع المستثناة من تطبيق الإعفاءات وتتمثل تلك السلع في :
6- السكر والدقيق والسجائر والمياه الغازية والصلصة والمربات والعصائر والبسكويت والحلويات والطحينة والزيوت النباتية والصابون والغزول القطنية والمنسوجات القطنية والمنسوجات المخلوطة والقطن الطبي والملابس الجاهزة والتريكو والأحذية الجلدية وأحذية البلاستيك وأحذية القماش وأحذية السفنجات والدهانات (عدا دهانات السفن والسيارات) وأعواد الثقاب والإطارات (عدا إطارات الجرارات والمعدات الزراعية والعجلات والمواتير والرافعات الشوكية والآليات المنفصلة) والبطاريات السائلة والجافة والأكياس البلاستيك والعطور ومستحضرات التجميل وألواح الزنك وأسياخ التسليح والسيارات الصغيرة والخوص والصاج والذوي والثلاجات ومكيفات الماء وأسلاك الكهرباء والكوابل وعلب وصناديق الكرتون والأسمنت والأبواب والشبابيك الخشبية والألومنيوم والأثاث المكتبي.
7- قامت كينيا مؤخرا بفرض تدابير حمائية على وارداتها من السكر لفترة أربعة سنوات (الحصة المقررة التي يسمح باستيرادها معفاة هي 111 ألف طن للسكر المكرر و89 ألف طن للسكر الخام ) تنتهي تلك الفترة في 31/12/2007. كما مدت كينيا العمل بالتدابير الحمائية على دقيق القمح لمدة سنة اعتبارا من مايو 2005 على أن تكون هذه التدابير في شكل حصص تعريفية ( حصة معفاة وفيما زاد عنها يفرض عليه 60 % رسوما جمركية ).
8- تقوم موريشيوس باستثناء بعض السلع من الإعفاء الجمركي التام، تلك السلع هي المنظفات والصابون والدهانات والفوط الصحية حيث يتم فرض رسوم عليها بواقع 40% في حين يتم فرض 20% على الحفاضات المستوردة من مصر.