تضمن قانون إنهاء المنازعات الضريبية، نصوصا صريحة لانهاء المنازعات الضريبية، بداية من ضرورة أن يقدم طلب إنهاء المنازعة من الممول أو المكلف إلى مصلحة الضرائب المصرية أو مصلحة الضرائب العقارية أو مصلحة الجمارك على النموذج الذي يحدده وزير المالية، ويجب أن يتضمن الطلب على وجه الخصوص موضوع المنازعة، ورقم الدعوى أو طلب التوفيق أو التظلم أو الطعن المقام بشأنها، ومبررات الطلب، كما يجب أن يرفق بهذا الطلب صور المستندات المؤيدة له
ونص القانون على أن ” إنهاء المنازعات القائمة أو التى تقام أمام جميع المحاكم على اختلاف درجاتها أو لجان الطعن الضريبى أو لجان التوفيق أو لجان التظلمات بين مصلحة الضرائب المصرية أو مصلحة الضرائب العقارية والممولين أو المكلفين متى كانت ناشئة عن تطبيق أحكام قوانين الضرائب التى تقوم المصلحتان المذكورتان على تطبيقها، وذلك أيًا كانت الحالة التى عليها الدعوى أو الطعن.
وتتولى إنهاء المنازعة لجنة أو أكثر، يصدر بتشكيلها قرار من وزير المالية برئاسة أحد ذوي الخبرة المتخصصين من غير العاملين بمصلحة الضرائب المصرية أو مصلحة الضرائب العقارية أو مصلحة الجمارك، وعضوية أحد أعضاء الجهات القضائية بدرجة مستشار على الأقل، وعضو فنى من العاملين بالمصلحة، وللجنة أن تستعين فى أداء عملها بمن تراه مناسبًا، ويجب أن يتضمن القرار المشار إليه عدد اللجان، ومقر كل لجنة، ودائرة اختصاصها، وعلى المصلحة أن تقيد الطلب المشار إليه فى سجل يعد لذلك، وأن تحيله خلال أسبوع على الأكثر من تاريخ تقديمه إلى لجنة إنهاء المنازعة المختصة.
وإن قدرت اللجنة جدية الممول أو المكلف فى طلب الإنهاء خلال ثلاثين يومًا على الأكثر كلفت المصلحة بإخطار قلم كتاب المحكمة أو أمانة سر لجنة الطعن أو لجنة التوفيق أو لجنة التظلمات بطلب الإنهاء، ويلتزم قلم كتاب المحكمة أو أمانة سر اللجنة بعرض ذلك الإخطار على رئيس المحكمة أو رئيس اللجنة، بحسب الأحوال، خلال خمسة أيام من تاريخ استلامه.