تعاني مهنة تدقيق الحسابات في الأردن من عدة مشاكل تم استقراؤها من خلال عدد من الدراسات والمقالات التي بحثت بهذا الموضوع، ويمكن تلخيصها كما يلي :
1. تجاوز قواعد السلوك المهني من قبل بعض المدققين.
2. تدني الأتعاب التي يتقاضاها المدققون، حيث يتطلب القيام بعملية التدقيق بصورة شفافة وعادلة جهودًا كبيرة، تحتاج إلى كفاءات بشرية ومادية، وهذا بالتالي يتطلب أموالاً كافية.
3. المنافسة ومحاولة الحصول على عملاء الآخرين.
4. ضعف مناهج المحاسبة وتدقيق الحسابات في الجامعات والكليات الأردنية مما ينعكس على المعارف الفنية المتخصصة للمهنيين.
5. النقص في التدريب المهني الكافي للمدققين بسبب عدم وجود معهد تدريبي متخصص يقوم بتنظيم ندوات ودورات تدريبية لرفع كفاءة المدققين والمحاسبين أيضا.
6. عدم وجود معايير قطرية تحكم مهنة التدقيق يرافقه عدم الالتزام الدقيق بمعايير التدقيق الدولية.
7. عدم وضوح القواعد ذات العلاقة بمهنة التدقيق في التشريعات الأردنية.
8. تركز مهمة تدقيق ألغالبيه العظمى من الشركات في المكاتب الكبرى.
9. توافق المصالح بين المدققين وأعضاء مجالس إدارات الشركات.
10. تدخل إدارات الشركات في قضايا التعيين والعزل وتحديد الأتعاب الخاصة بالمدققين، مما يؤثر على حيادية المدقق.
11. استئثار الجهات الحكومية بالهيمنة على المهنة وشؤونها.
