يتطلب المنهج العلمي في إدارة مخاطر الصكوك الإسلامية القيام بالخطوات الآتية :
1- تحديد المخاطر :
أولى الخطوات في إدارة مخاطر الصكوك الإسلامية هو تحديد نوعية المخاطر التي يتوقع أن تتعرض لها الصكوك الإسلامية سواء أكانت مخاطر عامة أم مخاطر خاصة، وكذلك تحديد مصدر تلك المخاطر سواء أكانت مخاطر ائتمان أو مخاطر سوق من مخاطر سلع وخدمات وسعر صرف وسعر فائدة وتضخم ، أو مخاطر تشغيل ، أو مخاطر مخالفات شرعية، والوقوف على أسباب تلك المخاطر. مع ملاحظة أهمية أن تكون عملية تحديد المخاطر عملية مستمرة ، مع تفهم المخاطر على مستوى كل عمل استثماري ، وعلى مستوى المنشأة ككل.
2- تقييم المخاطر :
يستخدم تقييم المخاطر كأداة تخطيط ويجب أن يعطي صورة شاملة عن المخاطر . فبعد تحديد مخاطر الصكوك الإسلامية ينبغي القيام بقياسها وتقييمها للوقوف على احتمالات الخسارة، مع ترتيبها وفقا لجسامتها، من حيث كونها مخاطر مرتفعة High Risk، أو متوسطة Moderate Risk، أو ضعيفة Low Risk، لاتخاذ التدابير اللازمة للتعامل معها.
3- دراسة واختيار البدائل المناسبة للتعامل مع المخاطر :
وذلك من خلال دراسة البدائل اللازمة للتعامل مع كل نوع من أنواع مخاطر الصكوك الإسلامية ، واتخاذ القرار اللازم باختيار البديل المناسب سواء بتجنب تلك المخاطر ، أو توزيعها ، أو قبولها والتعامل معها خاصة في حالة وجود إدارة جيدة لإدارة المخاطر، وعلى أية حال فإن المقارنة بين المنافع والتكاليف من جراء تلك المخاطر هو المعيار الملائم في إتباع الأسلوب المناسب في التعامل مع المخاطر، فينبغي أن تفوق المنافع التكاليف المترتبة على مخاطر الصكوك الإسلامية.
4- تنفيذ القرار :
وذلك من خلال وضع الآليات اللازمة لتنفيذ البديل الملائم للتعامل مع المخاطر موضع التنفيذ.