مقابل الأهمية الاقتصادية لهذه المشروعات فهناك العديد من العيوب التي يمكن أن توجه لها خصوصاً في الدول النامية :
1- إن هذه المشروعات وبسبب الإجراءات الضريبية المتشددة أو القيود المتعلقة بالسيطرة النوعية أو الصحية قد تنطوي تحت إطار القطاع غير المنظم والذي يعمل بعيداً عن القوانين, وقد يتخذ شكل الخارج عن القانون في أحيان كثيرة سواء المتعلقة بحقوق العمال أو قوانين السلامة المهنية أو قوانين حماية البيئة والرقابة الصحية والرقابة على الجودة, والواقع أن هذه الحالة هي نتيجة طبيعية لعدم الانسجام والتناغم بين المتطلبات العصرية لعملية الإنتاج والتصنيع وبين الإمكانات المالية أو مشكلة التمويل التي تعيشها المشروعات الصغيرة. فهي لم تصبح صغيرة لأسباب تقنية أو اقتصادية يفرضها واقع البلدان النامية فحسب, بل هي صغيرة أساساً نظراً لإمكانياتها المالية والتي لا تتناسب مع الأعباء التي يفرضها التكيف مع القوانين المعاصرة سواء الضريبية منها أو الاجتماعية خاصة عندما لا تراعي الجهات الحكومية المسؤولة عن تطبيق القوانين بعض الاعتبارات والأولويات المتعلقة بأوضاع هذه المشروعات, وتعاملها نفس معاملة المشروعات الكبيرة ذات الإمكانات المالية الكبيرة. وقد تعمل بعض التشريعات على معاقبة الصناعات الصغيرة بحرمانها من بعض الإمتيازات التي تخص حداً معيناً من رأس المال الثابت, والتي غالباً ما تكون على شكل إعفاءات جمركية أو ضريبية. وهذا بحد ذاته ما يدفع المشروعات الصغيرة للخروج عن القانون والعمل في إطار القطاع غير المنظم بعيداً عن رقابة الأجهزة الحكومية.
2- عدم قدرة المشروعات الصغيرة على مواكبة التطورات التكنولوجية فهذه المشروعات وفي معظم الدول النامية نشأت لسد احتياجات السوق المحلية من السلع ذات النوعية الملائمة لمستويات المعيشة في هذه البلدان ولم تكن تلبية للعلاقات الأمامية والخلفية التي تخلقها المشروعات الكبيرة, فلا هي بصناعات صغيرة مغذية للصناعات الكبيرة, ولا هي بصناعات متلقية لفرص التصنيع التي تخلقها الصناعات الكبيرة. وهنا أيضاً فإن وضعها الموصوف بصناعات مستجيبة للواقع الاقتصادي المتخلف, يجعلها غير قادرة على مواكبة التطورات التكنولوجية في مجال عملها خصوصاً بسبب مشكلات التمويل التي كانت أصلاً سبباً لنشأتها صغيرة. وقد اعتمد العديد منها في البقاء والاستمرار على رخص أسعار منتجاتها الناجم عن تدني النوعية بالمقارنة مع أسعار الصناعات المتطورة تقنياً أو المنتجات المستوردة ذات الجودة العالية والأسعار المرتفعة, وعلى هذا الأساس فإن العديد من الصناعات الصغيرة مرشحة للانقراض مع تحسن الأوضاع المعيشية في البلدان النامية ذات معدلات النمو المرتفعة في ظل غياب الإسناد الحكومي القادر على تطوير هيكل هذه المشروعات, ودفعها للتعايش مع المشروعات الكبيرة وتحويلها إلى مشروعات مغذية ومتلقية في إطار العلاقات الأمامية والخلفية للترابط الصناعي .