حسمت الجمعية العمومية لقسمي الفتوى والتشريع بمجلس الدولة، النزاع القائم بين مصلحة الضرائب وجامعة الإسكندرية، وانتهت إلى فتوى قضائية بتشكيل لجنة محاسبية، لحل هذا النزاع بشأن حساب الضريبة المستحقة عن الأجور والمرتبات التي صُرفت للعاملين بالإدارة المركزية لمستشفيات الجامعة، من عام 2016 حتى 2019.
وقالت فتوى الجمعية العمومية إن بداية النزاع كانت عند قيام مأمورية ضرائب التفتيش على المصالح الحكومية بالإسكندرية بفحص الضريبة المستحقة عن الأجور والمرتبات التي صُرفت للعاملين بالإدارة المركزية لمستشفيات جامعة الإسكندرية والوحدات الخاصة والمشروعات ذات الطابع الخاص التابعة لها (حساب التبرعات، حساب صندوق الأغراض، حساب التطوير، حساب العلاج بأجر). وانتهت المأمورية إلى وجود فروق ضريبية عشرة ملايين وأربعمائة وثمانية وسبعين ألفًا وستمائة وتسعة وثلاثين جنيهًا، وقد قامت الجامعة بالطعن على هذا التقدير.
وطلبت الفتوى من اللجنة تحديد إذا كانت الجامعة سددت أي مبالغ تحت حساب هذه الفروق خلال تلك الأعوام، وفي الحالة الأولى بيان مقدار هذه المبالغ على وجه الدقة، ومدى صحة ما انتهت إليه لجنة الطعن الضريبي، وكذا بحث جميع أوجه اعتراضات وطعون الجامعة على الإجراءات المُتخذة من قِبل مصلحة الضرائب المصرية .