حددت الهيئة العامة للرقابة المالية، المخالفات التي يمارسها مراقب الحسابات التي تستوجب الفحص واقتراح الإجراءات والتدابير المناسبة لمواجهتها:
1- تسجيل بيانات غير متكملة أو بيانات خاطئة بأي من الاستمارات والبيانات والتقارير المقدمة بواسطة مراقبي الحسابات إلى الهيئة.
2- مخالفة معايير وقواعد ممارسة المهنة، ومنها على وجه الأخص :(معايير المراجعة المصرية والمتضمنة معايير الجودة ومعايير الاستقلالية المهنية، وعدم التحقق من قيام العميل باتباع معايير المحاسبة المصرية في إعداد القوائم المالية التي يتم مراجعتها، وعدم الالتزام بقواعد وسلوكيات ممارسة المهنة الصادرة عن الهيئة).
3- عدم الالتزام بمتطلبات التعليم المهني المستمر.
4- عدم تقديم كافة المعلومات المطلوبة خلال عمليتي التسجيل و/أو التفتيش على مراقبي الحسابات و/أو تحديث البيانات السنوي.
5- عدم توفير المعلومات المطلوبة خلال عمليات الفحص و/أو عمليات التحقيق الخاصة ببعض المخالفات التي تم الإبلاغ عنها.
6- الأخطاء الهامة والمؤثرة أو عدم كفاية بيانات الإفصاح في أي من القوائم المالية المصدرة عن الشركات أو الجهات المرخص لها بمزاولة الأنشطة المالية غير المصرفية، وعدم قيام مراقب الحسابات بالتقرير عن هذه الأخطاء.
7- عدم الالتزام بالإجراءات والتدابير المقررة بواسطة وحدة الرقابة على جودة أعمال مراقبي الحسابات.
قسمت هيئة الرقابة المالية، سجل مراقبو الحسابات، الذين يجوز لهم مراجعة حسابات الشركات والجهات المرخص لها بمزاولة الأنشطة المالية غير المصرفية، فيما يتولى القسم الثاني من السجل مراجعة حسابات صناديق التأمين الخاصة والجمعيات والمؤسسات الأهلية المرخص لها بمزاولة نشاط تمويل المشروعات متناهية الصغر.