يعتبر استقلال المدقق أحد المعايير الهامة للرقابة ،لذلك يجب أن يكون المدقق الداخلي مستقلاً في أداء أعماله لكي تتحقق فاعلية الرقابة الداخلية لذلك يجب على المدقق أن يتبع المستويات الإدارية العليا لكي يتمكن من مراجعة وفحص المستويات
الرقابية الأخرى وتقييمها للتأكد من مدى تنفيذ الخطط والسياسات الموضوعة وهذا يتطلب من المدقق الداخلي أن يكون بعيداً عن وضع السياسات والإجراءات وإعداد السجلات أو الارتباطات بأي عمل تنفيذي آخر يكون من الطبيعي أن يتولى مراجعته وتقييمه فيما بعد … ، وبعد عمليات الفحص والمراجعة التي يقوم بها المدقق يقدم نتائج عمله وتوصياته فئ تقارير لمجلس الإدارة .
وتتجه كثير من الشركات إلى تكوين لجنة الرقابة والتي تتكون من أعضاء مجلس الإدارة غير المتفرغين ، وهدف اللجنة الإشراف على وظيفة الرقابة الداخلية مما يزيد من استقلاليته عن الإدارة وذلك لأن لجنة الرقابة مسئولة عن توظيف ومكافأة رئيس القسم .
ولكن في الحياة العملية لا يستطيع تحقيق ذلك لأن أعضاء لجنة الرقابة هم نفس أعضاء مجلس الإدارة .
وقد ذكر مجمع المدققين الداخليين بأمريكا إن استقلال المدقق الداخلي من العوامل الأساسية لفاعلية برنامج الرقابة الداخلية .
وإن استقلاله يتوقف على اعتبارين هاما :-
أ- إن تحديد المستوى التنظيمي للمدقق يتوقف على قيمة الخدمات التي سوف تحصل عليها الإدارة لذلك يجب على المدقق أن يكون مسئولاً على قراراته .
ب- إن موضوعية الدراسة من أهم عوامل نجاح الرقابة الداخلية ولذلك يجب إشراك المدقق فى وضع نظام العمل داخل المشروع لأنه يخضع لتقييمه فيما بعد .