تواجه عملية بناء نظرية المحاسبة مشكلات متنوعة أهمها :
1. مشكلة عدم تحديد المفهوم العلمي للمحاسبة. فكل يعرفها حسب رؤيته الخاصة لها، وفهمها لدورها. وهذا يعني غلبة الطابع الذاتي لمفهوم المحاسبة على مفهومها العلمي. ولعل أكبر دليل على ذلك الخلط الكبير بين مفهوم المحاسبة ومفهوم نظام المعلومات المحاسبي.
2. مشكلة تحديد المدخل المناسب لبناء النظرية. المدخل يتمثل بالفكرة الأولية التي يتم تبنيها قبل بدء عملية البحث عن الحقائق، والتي تضبط العمل في كافة مراحله وتوجهه خدمة لها. فالمدخل بذلك يطبع النتائج بطابعه. يعبر المدخل عن تصورات أولية ورؤى خاصة بالباحث حول دور النظرية ووظائفها ومكوناتها الخ. والمداخل التي تم تبنيها حتى الآن تتسم بالبساطة وأحادية الرؤية بدلا من شموليتها.
3. مشكلة تحديد المنهجية العلمية المناسبة لبناء نظرية المحاسبة. المنهج العلمي يستوجب تطبيق المنطق كظاهرة مشتركة لكل معرفة علمية. وهو يتناول مسألة كيف يمكن الوصول إلى الحقائق التي تشكل محتويات النظرية، أو كيف يمكن كشفها. أنه يمثل الخطوات والمراحل والأعمال الواجب انجازها للوصول إلى تلك الحقائق؟ إن النتائج المرجوّة من عملية بناء النظرية تختلف باختلاف تلك الخطوات والمراحل أي باختلاف المنهج المستخدم. فإذا رسمت تلك الخطوات والمراحل في تسلسلها والأدوات المستخدمة فيها بشكل غير منطقي، أي حسب رغبات الباحث والفلسفة التي يتبناها مسبقا لكشف الحقائق، فإن النتائج التي هي مكونات النظرية لن تكون علمية.