رغم المزايا السابقة في التوافق المحاسبي الدولي فإنه يواجه مشاكل مختلفة أهمها :
– الإختلافات البئية و الثقافية بين الدول.
– تباين في مضمون وأهداف التشريعات القانونية لكل دولة.
– ضعف أو انعدام-أحيانا- القوة الإلزامية بتنفيد هذه القواعد و المعايير المحاسبية الدولية المتفق عليها.
– الطبيعة المعقدة التي تصاغ بها بعض المعايير مثل المعايي المرتبطة بالإستثمارات و المشتقات و الأدوات المالية و المعايير المرتبطة بالقيمة العادلة، هذا ما يؤدي إلى عدم فهمها و من ثم عدم تطبيقها على الوجه الصحيح .
– غالبية الدول ليس لها تشريعات منظمة للأدوات المالية على الأقل لأنها لا تتوفر على أسواق على درجة من الكفاءة التي تفرز قيم سوقية يمكن إعتمادها في التقييم المحاسبي .
– التوجه الضريبي و الحكومي : بعض الدول يكون الهدف من التقارير المحاسبية فيها هو حساب الربح الضريبي أو توفير معلومات للمحاسبة الوطنية .
– تعود المستثمرين و المستخدمين الآخرين للقوائم المالية على المعايير الوطنية إلى درجة يصعب فيها تحول أولئك المستخدمين إلى قراءة قوائم مالية أعدت بإستخدام طرق محاسبية أخرى خصوصا في حالات ضعف الثقافة المحاسبية عند هؤلاء المستخدمين .
– المعايير المحاسبية تصدر باللغة الإنجليزية و ترجمتها إلى اللغات الوطنية (غير الإنجليزية) أفقدها مضمونها الأصلي .
– إصدار معايير محاسبية دولية في شكل نصوص عامة و ترك التفاصيل لكل دولة .فهذه المعايير لا تتعاطى إلا الأحداث ذات الصبغة الدولية التي تبدي معظم الدول حاجة ملحة لها دون النظر لمعيار معين يلائم ظروف دولة أو مجموعة محددة من الدول بعينها .