1- صعوبة التنبؤ في بعض الأحيان : فإعداد الموازنة التخطيطية يعتمد على التنبؤ بالأهداف و النتائج المتوقعة مستقبلا، و عملية التنبؤ هذه ليست مهمة سهلة في الكثير من الأحوال ولا يمكن أن تكون دقيقة بشكل كامل، ولكن يجب أن تتم وفقا
لكل ما هو متاح من بيانات و معلومات متصلة بالأحداث الإقتصادية موضع التنبؤ
وتبرز صعوبة التنبؤ و التقدير بصفة خاصة في حالات الموازنات التخطيطية لمنشأة جديدة تزاول النشاط لأول مرة، وترجع تلك الصعوبة إلى عدم وجود سجلات تاريخية فعلية تبين النفقات و الإيرادات الفعلية التي حدثت في الماضي و التي كان يمكن الإسترشاد بها إن وجدت.
2- الجمود و عدم مراعاة المرونة : لا يحقق النظام أهدافه إذا لم تراع فيه إعتبارات المرونة والتي تقضي بالسماح بمراجعة و تحديث البيانات و التقديرات أولا بأول، ولكن مراعاة المرونة في النظام لايجب أيضا أن تفسر بشكل واسع يسمح بإعادة النظر في التقديرات بشكل متكرر حتي لايفقد النظام هيبته و يقل دورها الرقابي، ومن هنا يجب مراجعة و تحديث البيانات التي تقتصر على الظروف التي يحدث فيها تغيير جوهري يجعل التقديرات غير صالحة تماما.
3- سوء فهم الإدارة للموازنة التخطيطية ونقص الوعي الإداري : فالإدارة الغير رشيدة قد لا تولي لنظام الموازنات التخطيطية ما يستحقة من عناية عن طريق عدم الإستجابة لما يحتاجه إعداد و تنفيذ النظام من كوادر فنية و خبرات إدارية، كما أن الإدارة الغير واعية قد لا تحسن الإستفادة من مخرجات نظام الموازنات التقديرية.
4- عدم سلامة الهيكل التنظيمي للمنشأة : خاصة إذا كانت الإختصاصات و المسئوليات غير محددة بوضوح تام.
5- سوء فهم المعدين لماهية الموازنات التخطيطية : في بعض الأحيان قد تعتقد لجنة الموازنات مثلا أنها أكثر معرفة و حرصا على مصلحة المنشأة من الإدارات المختلفة القائمة بالتنفيذ و من ثم ترفض بدون دراسة أي طلبات من تلك الإدارات.