مكلف في تطبيقه حيث يحتاج إلى تكلفة إستثمار عالية متمثلة في اجهزة حاسب الي وبرمجيات ومصممين ومبرمجين ومطورين للنظام وايضاً محللين ومدخلوا بيانات أو شراء انظمه جاهزةبحاجه ايضاً إلى قارئ الكود وبرنامج خاص به وربط هذا السكانر او الماسح بجهاز الحاسب وربطه بنظاام الحسابات
لا يكتفى بنظام إلكتروني بل بحاجه ايضاً الى قوى تباشر وتقوم بالعمل على تلك انظم اي بحاجه إلى تعيينات أضافية وتكاليف إدارية للنظام
مكلف في كل مراحله بدءاً من دخول المشتريات ومسحها ضوئياً بقارئ الكود وصولاً إلى بيعها واعاده مسحها مره اخرى وفي خلال تلك المراحل بحاجه إلى رقابة من خلال كاميرات لمنع سرقتاه من قبل العملاء كما في المولات والأسواق الكبرى وانشاء نظام رقابة داخلية وكاميرات المراقبة قد لا تناسب تكاليفها المنشأت الصغيرة
يزيد من تكاليف التدريب ويزيد من اعباءه فالقائمين على استخدام تلك النظم بحاجه الى تدريب على استخدامها بكفاءة وليس فقط من يقومون بالمسح الضوئي وانما ايضا محاسبوا المخازن ومديروا المخازن من خلال ربط الماسح الضوئي بالنظام المحاسبي بالمنشأه .
عدم المصداقية في بعض الأحيان لا يعطي النظام الفوائد المرجوه منه بل يساعد على زيادة السرقات والأختلاس وحيث ان الخطأ المقصود من قبل من يقومون بإدخال وتسجيل المشتريات قد يساعد ذوي النفوس الضعيفة سواء كان الخطأ مقصود او غير مقصود على اختلاس الفروقات بين الجرد الطبيعي والجرد المستمر من خلال التقارير
بحاجه إلى زياده الرقابة الداخلية بتثبيت كاميرات كما سبق ذكره وايضاً بحاجه إلى تعيين افراد امن لمتابعة العملاء .