منحت الحكومة، المشروعات المقامة بالمنطقة الاقتصادية لقناة السويس ذات الطبيعة الخاصة لجذب الاستثمارات إليها لإقامة المشروعات الزراعية والصناعية والخدمية القادرة على المنافسة مع مثيلاتها في العالم، وزيادة حصة مصر في التجارة العالمية، إعفاءات من الضرائب والرسوم، وهي:
1- إعفاء عوائد السندات وعوائد القروض والتسهيلات الائتمانية التي تمنح للهيئة أو لشركة التنمية الرئيسية أو للشركات والمنشآت والفروع المرخص لها بالعمل في المنطقة من جميع الضرائب والرسوم.
2- إعفاء الأرباح الناتجة عن اندماج الشركات أو تقسيمها أو تغيير شكلها القانوني من الضرائب والرسوم التي تستحق بسبب الاندماج أو التقسيم أو تغيير الشكل القانوني.
3- لا تسري على المنطقة أحكام قوانين ضرائب المبيعات والدمغة ورسم تنمية موارد الدولة، كما لا يسري عليها أي نوع آخر من الرسوم أو الضرائب المباشرة أو غير المباشرة.
4- إعفاء المعدات والآلات والأجهزة والمواد الخام والمهمات وقطع الغيار وأية مواد أو مكونات أخرى تستوردها الهيئة أو الشركات أو المنشآت أو الفروع العاملة في المنطقة من الخارج، متى كانت لازمة لمزاولة النشاط المرخص به داخل المنطقة من الضرائب الجمركية ومن ضريبة المبيعات ومن جميع أنوع الضرائب والرسوم الأخرى.
5- إعفاء السيارات والمركبات بكافة أنواعها من الضرائب والرسوم متى كانت مخصصة لنشاط إنتاج سلعي أو خدمي وفقًا للمعايير التي يصدر بها قرار من مجلس إدارة الهيئة المنوط بها إقامة المنطقة.
يذكر أن المنطقة الاقتصادية لقناة السويس، توفر مجموعة من المزايا الاستثمارية، من أهمها خدمة الشباك الواحد الذي يوفر جميع الخدمات المتعلقة بإنشاء الشركات، فضلًا عن توفير وتسهيل خدمات ما بعد التأسيس بهدف تبسيط الإجراءات في إطار زمني تنافسي.