إن الرقابة الداخلية كما ذكرنا من قبل فى موضوعات سابقة تؤكد بمعقولية (وليس بتاكيد مطلق) للإدارة ومجلس الإدارة بأن أهداف المنشأة ستتحقق , لهذا يوجد معوقات ملازمة في تحقيق الرقابة الداخلية .
أخطاء حكمية (Judgment Errors)
ربما تفشل الإدارة والموظفون أحياناً في اتخاذ القرارات الحكيمة أو أداء المهمات الروتينية نسبة لعدم اكتمال المعلومات ، أو ضيق الزمن أو أية ضغوط أخرى.
الانهيار (Breakdown)
ربما يؤدى انهيار نظم الرقابة عن فهم الموظفين الخاطئ للتعليمات أو ارتكاب أخطاء نتيجة للإهمال ، عدم التركيز ، التغيرات المؤقتة أو الدائمة في الموظفين أو في النظم أو الإجراءات.
التواطؤ (Collusion)
قيام موظف ((أو موظفين)) بإبطال الرقابة الداخلية بالتواطؤ مع أطراف خارج أو داخل المنشأة
تخطي الإدارة للإجراءات الرقابية (Management Override)
ربما تقوم الإدارة بتجاوز السياسات والإجراءات المعتمدة لتحقيق أهداف غير قانونية أو لتحقيق مصلحة ذاتية أو تحريف المعلومات.
احتمال تقادم السياسات والإجراءات بشكل كاف نسبة لتغير الأحوال أو أن يتدهور تطبيق الإجراءات مع مرور الزمن.
هذه العوامل تشير إلى أنه لا يمكن للمراجع أن يحصل على كافة أدلة الإثبات لأغراض المراجعة .
لذلك يجب مراقبة الأداء لانظمة الرقابة الموجودة (Monitoring)
أشار المعيار الأمريكي(SAS 78)
إلى أن مراقبة الأداء هي عملية لتقييم جودة أداء الرقابة الداخلية وأنها تتضمن التقييم بواسطة الموظفين المناسبين لتصميم وتنفيذ الرقابة الداخلية وأنه يعمل كما خطط له أو تم تحديثها لتواكب الظروف المتغيرة. ويمكن أن تكون مراقبة الأداء عن طريق أنشطة مستمرةو دوية كتقارير المراجعين الداخليين ولجنة المراجعة والجهات الرقابية عن نقاط ضعف الرقابة الداخلية للإدارة.