يتم خلال هذه المرحلة تقييم كل طرق العمل، الإجراءات والتعليمات المعمول بها قصد الوقوف عند آثارها على الحسابات والقوائم المالية، وتتمثل أهم خطواتها فيما يلي:
1- جمع الإجراءات: المكتوبة وغير المكتوبة وتدوينها في ملخصات. أي معرفة الاجراءات المعمول بها التي الهدف منها تحقيق رقابة داخلية فعالة.
2- اختبارات الفهم والتطابق: وذلك بهدف ضمان الفهم الصحيح لنظام الرقابة الداخلية المتبع .
3- التقييم الأولى لنظام الرقابة الداخلية: اعتمادا على الخطوتين السابقتين، يتمكن المدقق من إعطاء تقييم أولى للرقابة الداخلية باستخراجه مبدئيا لنقاط القوة والضعف، وغالبا ما يستعمل المدقق في هذه الخطوة إستمارة أسئلة مغلقة .
4- إختبارات الاستمرارية: تسمح للمدقق بالتأكد من أن نقاط القوة المتوصل إليها في التقييم الأولي للنظام موجودة فعلا وباستمرار.
5- التقييم النهائي لنظام الرقابة الداخلية: اعتمادا على الخطوات السابقة، يتمكن المدقق من الوقوف عند نقاط الضعف ونقاط القوة الحقيقية للنظام، وبناءا على ذلك يقدم تقرير حول الرقابة الداخلية إلى الإدارة الذي يرفقه بمجموعة من التوصيات للرفع من فعالية هذا النظام. كما تساهم هذه الوثيقة في تحديد نطاق الفحص ومدى ضرورة التركيز على فحص الحسابات وحجم العينة.