إن مدخل التكلفة المستهدفة مدخل حديث في إدارة التكاليف وبالتالي فإن هذا المدخل يواجه مجموعة من الصعوبات تتمثل بالتالي:
1- عدم وجود إطار يتسم بالعمومية يحدد متطلبات وخطوات التنفيذ نظراً لتركيز معظم الأبحاث التي تناولت هذا المدخل على تحليل التجارب الناجحة لبعض الشركات اليابانية مما أدى إلى نتائج تتسم بالخصوصية.
2- عدم وجود إطار مفاهيمي ومنهجية واضحة لتطبيق الأساليب الحديثة لخفض التكلفة في إطار المحافظة على مستوى الجودة والأداء الوظيفي وبما يؤدي إلى الوصول إلى التكلفة المستهدفة.
3- صعوبة التحديد الدقيق للعناصر الأساسية لتطبيق هذا المدخل وهي أسعار البيع والأرباح ومن ثم التكلفة المستهدفة نتيجة لعدم توافر قواعد البيانات الملائمة خصوصاُ في دول العالم النامية.
4- عدم وضوح كيفية تخصيص الخفض المستهدف في تقديرات التكلفة الحالية او المتوقعة لعمليات المنشأة لتتساوى مع التكلفة المستهدفة.
5- صعوبة استمرارية المحافظة على خطة التكلفة المستهدفة في إطار تطور تكنولوجي سريع ومتزايد ودخول منافسين جدد للأسواق.
6- الآثار المتعارضة المترتبة على الاستغناء عن الأيدي العاملة كنتيجة حتمية لتطبيق مدخل التكاليف المستهدفة .