الفوارق الأساسية الواجب أخذها بنظر الاعتبار عند المقارنة ما بين نظام المحاسبة المالية والافصاح المحاسبي عن راس المال الفكري. و تتجسدأهم هذه الفروق فيما يلي:
أ) في ظل نظام المحاسبة المالية يجري الاعتماد وبشكل أساسي على تصنيف المعاملات على أساس التكلفة والإيرادات والأصول والالتزامات . أما في ظل الافصاح المحاسبي عن رأس المال الفكري، فإنه يجري تصنيف المعاملات على أساس العاملين والزبائن والعمليات والتكنلوجيات.
ب) في ظل نظام المحاسبة المالية يجري التركيز وبشكل خاص على إجراء جميع التحليلات الخاصة بالربحية والسيولة والمخاطر لمعرفة مدى قدرة الشركة على السداد و الوفاء بجميع الديون الخاصة بها. أما في ظل الافصاح المحاسبي عن رأس المال الفكري فأن الأمر مختلف حيث يجري التركيز على تحليل تصرفات إدارة الشركات المتعلقة بقرارات المحفظة وأنشطة التأهيل الخاصة بها.
لذلك يواجه المحاسبون عند قيامهم بقياس وتقويم رأس المال الفكري والإفصاح عنه في القوائم المالية تحديات عديدة منها:
1)إن الأصول الفكرية هي غير مادية ولا يمكن تحديدها أو الوصول إليها.
2)إنها غير قابلة للقياس المباشر من قبل المحاسبين.
لذلك فإن هناك الكثير من الآراء الّتي وردت من المنظمات والمعاهد الفكرية والمهنية الّتي حاولت تسجيل تلك الأصول والإبلاغ عنها، لذلك ليس هناك طريقة واحدة متفق عليها في قياس تلك الأصول وخصوصاً في عالم تتزايد فيه أهمية الاقتصاد المعرفي.
لذلك يرى الباحث انه توجد هناك عدة طرق أو نماذج لقياس رأس المال الفكري قد يكون أبسطها قياس الفرق ما بين القيمة السوقية والقيمة الاسمية، حيث تمثّل القيمة السوقية مجموعة الأصول والأموال السائلة مطروحاً منها الديون. أما القيم السوقية لأي شركة فهي القيمة الكلية لأسهمها.
وعادةً ما تكون القيمة السوقية أعلى من القيمة الاسمية وهذا ما يعطي التفسير والمبرر المنطقي لماذا يدفع المستثمرون أكثر بكثير من القيمة الحقيقية للأصول الثابتة لأي شركة، فالسبب هو رأس المال الفكري لتلك الشركة.