يقوم المدقق بتطبيق الإجراءات التحليلية عادة أثناء عملية التدقيق أو أثناء مرحلة الفحص والاختبار، حيث تكون الإجراءات التحليلية خلال هذه المرحلة أكثر كفاءة وفاعلية وأكثر اقتصاداً للوقت إذا ما قورنت باختبارات التفصيل.
ويستخدم المدقق الإجراءات التحليلية في هذه المرحلة من مراحل التدقيق لدراسة ومقارنة بعض البنود المدرجة في القوائم المالية للتأكد من صحتها، ومن الأمثلة على ذلك:
• يقوم المدقق بحساب الأجور المباشرة على أساس ساعات العمل، فاختبار عدد العاملين وعدد ساعات العمل ومعدل الأجور يظهر قيمة الأجر عن فترة معينة ويمكن المدقق أن يقارنها مع القيمة المحتسبة للأجور والمسجلة في الدفاتر.
• مقارنة القيم المسجلة دفترياً للاستهلاك مع قيمة الاستهلاك الذي يحسبه المدقق بتطبيق معدلات الاستهلاك المستخدمة على تكلفة الأصول الثابتة القابلة للاستهلاك في بداية الفترة مضافاً إليها أو مخصوم منها الإضافات والاستبعادات التي حدثت على تلك الأصول.
• يقوم المدقق بمقارنة النفقات الثابتة المضافة مع تلك النفقات عن السنوات السابقة، بالإضافة إلى مقارنة المقدر منها للسنة الحالية مع القيمة الفعلية المسجلة في الدفاتر.
• يقوم المدقق بحسب خبرته بتقدير المتغيرات التابعة بدقة معقولة إذا عرفت قيمة المتغير المستقل وذلك من خلال استخدامه لتحليل الانحدار (مثال: المبيعات متغير مستقل وعمولة المبيعات ومصاريف نقل المبيعات متغير تابع).
ويهدف المدقق عند تطبيقه للإجراءات التحليلية أثناء مرحلة الفحص إلى اكتشاف المخالفات في القوائم المالية، حيث يقوم بتحديد الأرصدة التي يكتشف فيها انحرافات ويحدد من خلالها إجراءات التدقيق وأدلة الإثبات اللازمة للبحث عن سبب هذه الانحرافات، وبالتالي يعمل على تخفيض الاختبارات التفصيلية المطلوبة لفحص تلك الأرصدة.