من أجل فهم نظام الرقابة الداخلية والتحقق من أن النظام مصمم بشكل كافي ومناسب وأن النظام يعمل بفعالية يقوم المدقق بالإجراءات التالية :
أ- مراجعة أوراق العمل السابقة واستخدام الحكم المهني و الخبرة العملية.
ب- دراسة أدلة السياسات و الإجراءات الموجودة.
ت- الفحص الدقيق للمستندات و الدفاتر و السجلات.
ث- مسؤوليــة الإدارة تجاه الرقابة الداخلية في المؤسســـة .
تعتبر الإدارة هي المسؤولة عن تصميم نظام رقابة داخلية بشكل يمكنها من تحقيق الأهداف المرسومة المذكورة سابقاً وأن الإجراءات التي تضعها الإدارة تساعد في اكتشاف الأخطاء وأن هذا النظام يعمل بشكل كفوء و فعال ولا بد من الإشارة هنا إلى أنه مهما بلغت قوة النظام الذي تضعه الإدارة فإنها لا تستطيع الحصول على تأكيد مطلق و إنما تحصل على تأكيد معقول للأسباب التاليـــة :
• وجود المحددات المتوارثة في أي نظام رقابي من أمثلة ذلك اعتماد هذه المنظمة سواء في عملية التصميم أو التنفيذ على العنصر البشري و الحكم المهني.
• إمكانية التواطؤ بين الموظفين الذين يقومون بالوظائف المتعارضة سواء من أجل التلاعب أو الاختلاس وهذا يجعل أي نظام رقابي يعاني من صعوبات في اكتشاف مثل هذه التصرفات.
• تجاوز الإدارة التعليمات التي قامت بوضعها والقيام بإختراقات لنظام الرقابة الداخلية .
• التغيرات التكنولوجية التي تحدث في بيئة العمل و التي قد تجعل أي رقابة داخلية عاجزة عن توفير الرقابة المناسبة ما لم يتم تحديثه و تطويره.
• التكلفة مقابل المنفعة حيث إن التصميم المناسب لنظام الرقابة و شموليته قد يصعب تحقيقها بسبب التكاليف التي قد تزيد من المنافغ في بعض الأحيان .