تقوم مصلحة الضرائب بفحص ملفات الممولين بصفة دورية، للتأكد من مدى مصداقية الإقرار الضريبى الذى قدمه الممول إلى مصلحة الضرائب بحقيقة أرباحه ومصروفاته ، وتقوم مصلحة الضرائب بعملية الفحص عن طريق مأمورى الضرائب بالمأموريات الضريبية المختلفة على مستوى الجمهورية .
ووفقا لقانون الضرائب رقم 91 لسنة 2005 فإن الفحص يتم كل 5 سنوات، وفقا لعينة عشوائية يتم اختيارها عن طريق برنامج حاسب آلى مخصص لهذا الغرض، لكن الوضع الحالى يعكس خلاف ذلك، لتصبح جميع ملفات مركز كبار الممولين وملفات مأمورية الاستثمار ومتوسطى الممولين أصبحت جميعها داخل العينة العشوائية للفحص سنويا
ويفسر بعض المحللين هذا الإجراء من جانب مصلحة الضرائب، بالبحث عن موارد إضافية لتحقيق المستهدف سنويا من موارد، عن طريق فروق فحص ضريبى قد تنتج عن فحص الملفات.